Précédemment connue comme la rue du Four Saint-Honoré ou rue du Four ; au 13ème siècle, c'était la rue du Four de la Couture de l'Evêque. Elle devait ce nom au four banal de l'évêque qui y était situé. Le tronçon compris entre la rue Berger et la rue Coquillière et la rue Rambuteau a été incorporé dans les Halles Centrales lors de leur agrandissement en 1936.

Depuis le 24 août 1864 elle porte le nom de Jean François Vauvilliers (1737-1831), helléniste et membre de la municipalité de Paris en 1789. La rue est dans le voisinage des Halles qu'il contribua à approvisionner pendant la disette.